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然后，有组织地去抓住成功的关键，依靠组织在成功关键因素上集聚力量，紧紧围绕着关键因素展开协同，强化关键功能。并把关键活动与关键功能，落实在组织形态上。依靠组织的保障，使关键活动与关键功能不断得到强化。
阿米巴经营将组织细分，所以即使起用有前途的新领导而使个别阿米巴经营不善时，也不至于危及整个公司的根基。因此，即便是经验不足或让人略感不放心的人才，也要大胆地起用，让其不断地积累经营者的意识和经验，这点至关重要。
总之，在划分组织的时候，关键是从经营者的角度决定何种核算单位才能更准确地把握经营现状。经营者作为公司的掌舵人，必须对整条船的所有情况一目了然，必须站在经营者的视角编制组织，对各部门的实际情况了如指掌。
阿米巴变形虫灵活易变的特性启发了稻盛和夫，他独创了一套组织管理机制——阿米巴经营，他将公司组织分为一个个的“阿米巴”小集体，各个小集体就像是一家家的中小企业，在保持活力的同时，以“单位时间核算”这种独特的经营指标为基础，彻底追求附加值的最大化。
稻盛和夫指出，自利是生产发展的动力之一，各阿米巴适度的自利无可非议，但是如果每个阿米巴的管理者都过分追求自利，那么就会使交易难以完成，不仅损害其他阿米巴的利益，而且会给企业带来损失，最终陷入“囚徒困境”和“公地悲剧”。
在单位时间核算制度中，为了要算出各阿米巴“单位时间”附加值，必须计算阿米巴的总时间。在制造部门的单位时间核算表中，所谓总时间就是各阿米巴所属的员工一个月的正常工作时间、加班时间、内部公共时间和间接公共时间的总和。
阿米巴经营强调“以心为本”，其理念是指把关心员工放在重要位置，真诚对待员工，尊重员工的利益，使员工在企业的发展中得到物质和精神双方面的收获。
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