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把组织进行划分，建立了阿米巴小组之后并不代表大功告成。阿米巴经营的特点是对于市场环境、技术动向、竞争对手等的不断变化，能够灵活调整并达到最佳状态。企业经营者必须时刻检查本公司的方针和现在的组织是否适应现在企业所处的环境。
阿米巴经营单元划分的大小和多少与经营人才，特别是“阿米巴巴长”的数量和质量有关。培养和提拔具有经营意识的人才，不论是年龄和资历，只要有实力就能担当领导职位。企业要建立人才培养机制，不断加大人才培养力度，经营人才培养分四步。
日本经营之圣——稻盛和夫说：在“阿米巴经营”中正确分割组织、打造“阿米巴”，这是成功的关键。这里有三个要点。
企业在实施阿米巴组织时，可以合并没有发展前途的部门。对于没有发展前途的部门，要努力压缩分散管理的成本，提高核算。因此，如果没有分开考核的必要或者放在一起考核比较合理时，就要对阿米巴进行合并。
从阿米巴经营的本质来说，“分”是表象，“合”是目的，要求每一个人都要主动努力，达成各自的目标，因此在阿米巴经营中，负有重大责任的领导人必须站在前头，付出成倍于他人的努力。
在阿米巴经营中，经营管理部门为了明确每天的经营实绩，要以天为单位处理各种票据并统计实绩。财务部门以这些数据为基础制作财务报表。财务部门和经营管理部门共享统一的数据，能加强财务会计和管理会计之间的合作。
一般企业中，采购部门往往被放在制造部门内。在阿米巴经营中，采购部门不属于制造部门，而是被定位在管理部门。这是为了进行组织的双重确认，以避免采购出现差错，以及与供应商的内外串通。
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